La pièce raconte l'histoire d'une famille, où la mère (Philaminte), la belle-sœur de cette dernière (Bélise) et une de ses deux filles (Armande) sont sous l'emprise d'un faux savant (Trissotin), qui les subjugue de ses poèmes et savoirs pédants mais s'intéresse plus à l'argent de la famille qu'à l'érudition des trois femmes. Cette situation désole le reste de la famille, à savoir le mari de Philaminte (Chrysale), le frère de ce dernier (Ariste) et la cadette des filles (Henriette) ; mais ces derniers ne s'opposent pas frontalement aux « chimères » des autres femmes de la famille.
Pendant longtemps, Clitandre a courtisé Armande, sœur d'Henriette, mais cette dernière s'est toujours refusée à lui, lui préférant « les beaux feux de la philosophie ». Clitandre est alors devenu amoureux de Henriette, et tous deux veulent se marier.
Dans ce but, ils vont devoir obtenir le soutien de la famille. Chrysale et Ariste sont favorables au mariage. Mais le reste de la famille, c'est-à-dire les trois « femmes savantes », s'y opposent. Philaminte veut qu'Henriette épouse Trissotin, pour asseoir son alliance avec la science et la philosophie. Cette volonté est appuyée par Bélise et Armande. Cette dernière exprime une certaine jalousie que sa sœur convole avec son ancien soupirant.
Chrysale ne veut pas s'opposer fermement aux volontés de son épouse, et il semble que le mariage d'Henriette et Clitandre soit compromis, à l'avantage de Trissotin. Les deux amants tentent alors de s'opposer au philosophe mais aucun ne réussit, jusqu'à ce qu'Ariste parvienne à déjouer la duplicité de Trissotin ; Henriette peut alors se marier avec Clitandre.